Shopifyの決済方法おすすめ完全ガイド｜手数料・選び方・設定方法を徹底解説

Shopifyで決済方法を選ぼうとしたとき、「どのサービスを使えばいいのか」「手数料はどれくらいかかるのか」と迷うEC事業者は多いです。決済方法の選択は、見た目の機能差以上に売上へ直結する要素です。

決済方法を整えることでカゴ落ちを防ぎ、購入完了率を高められます。逆に、ターゲットに合わない決済しか用意できていないと、支払い手段を理由に離脱されるリスクを抱え続けることになります。

この記事では、Shopifyで使える決済方法の全体像から手数料比較、ターゲット別の選び方、設定手順まで順を追って解説します。読み終えた後には、自社に必要な決済の組み合わせを判断し、具体的な設定作業に着手できる状態になるはずです。ぜひ参考にしてみてください。

Shopifyで使える決済方法の全体像

Shopifyの決済は公式のShopifyペイメントと外部決済サービスの大きく2種類に分かれます。それぞれの役割と、主流となっている決済手段の特性を把握しておくことが、適切な組み合わせを考える出発点になります。

Shopifyペイメント（公式）と外部決済サービスの違い

Shopifyペイメントは、Shopifyが提供する公式の決済機能です。管理画面から数ステップで有効化でき、追加の取引手数料が発生しないのが最大の特長です。一方、外部決済サービスはコンビニ決済・後払い・QRコード決済など、Shopifyペイメントがカバーしきれない決済手段を補完するために使います。

外部決済を利用した場合、Shopifyのプランに応じた取引手数料が上乗せされます。Basicプランで2.0%、Growプランで1.0%、Advancedプランで0.6%が追加コストとして発生します。「Shopifyペイメントか外部決済か」という二者択一ではなく、Shopifyペイメントを軸に置き、自社のターゲットに必要な決済を外部で補完するという組み合わせの発想が求められます。

日本国内で主流の決済方法ランキング

EC決済の利用率を見ると、男女ともにクレジットカードが59.4%と最も多く利用されています。2位はPayPay（男性33.2%・女性30.8%）、3位は楽天ペイ（男性15.0%・女性11.7%）と続き、QRコード決済の存在感が年々高まっています。

ターゲット層が違えば、使われる決済手段も変わります。10〜20代前半ならキャリア決済や後払いを押さえておくと、クレジットカードを持っていない層もカバーできます。

BtoBでは請求書払いや銀行振込を求められるケースが多く、主婦・会社員層にはPayPayなどのQRコード決済が日常的に使われています。自社のターゲットに照らして、優先度の高い決済から順番に整備していくのがおすすめです。

＊参考　【最新調査で判明】EC・通販サイトに導入すべき決済サービスの概要と選び方｜SB Payment Service

Shopify決済方法と手数料の全比較表

Shopifyに対応した主要な決済サービスを手数料・初期費用・月額費用の観点で一覧化しました。サービス選定の際に参照してください。

＊参考　【保存版】Shopifyの決済方法のまとめ：Shop Payからコンビニ払いまでShopifyの決済手数料も紹介

Shopifyペイメント（公式決済）の詳細

Shopifyペイメントは、多くのEC事業者にとって決済設計の起点となる機能です。プラン別の手数料構造から、実際のメリット・デメリット、入金タイミングまで把握しておくことで、運営コストの試算と資金繰りの計画が立てやすくなります。

Shopifyペイメントのプラン別決済手数料

Shopifyペイメントの決済手数料は、加入しているShopifyプランによって異なります。

JCBは国内カードと同じ手数料率で使えます。数値は2026年現在のものですが、変更される場合があるためShopify公式サイトで定期的に確認してください。プランアップグレードで手数料は下がりますが、月額費用も上がるため、売上規模と照らして損益分岐点を計算してから判断するのが現実的です。

＊参考　各プランの詳細情報と比較 – 無料体験 – Shopify 日本

Shopifyペイメントを使う3つのメリット

Shopifyペイメントを導入する最も大きなメリットは、取引手数料が0円である点です。外部決済サービスを利用すると、Basicプランでは売上の2.0%が追加でShopifyに支払われますが、Shopifyペイメントを使うことでこのコストが丸ごとなくなります。

2つ目のメリットとして、Apple Pay・Google Pay・Shop Payが自動的に利用できるようになる点があります。とくにShop Payは、過去の購入情報から住所・支払い情報を自動入力できる機能で、通常の決済フローと比較してコンバージョン率が平均1.72倍向上するというデータもあります。

3つ目はセキュリティです。3Dセキュア2.0が標準で組み込まれているため、カード不正利用への対策を別途用意する必要がありません。追加費用ゼロでセキュリティ基準をクリアできるので、新規ストアでも構築初日から安心して運用をスタートできます。

＊参考　Shopify Statistics 2026: Users, Revenue, Market Share, and Growth

Shopifyペイメントのデメリットと注意点

Shopifyペイメントはカバーできない決済手段があります。コンビニ決済・後払い・PayPay・キャリア決済には対応していないため、これらが必要なターゲット層には外部サービスの追加が必要です。

注意しておきたいのがチャージバックです。購入者がカード会社に「身に覚えのない請求」と申告すると、カード会社が代金を返金し、その分がストア側に請求されます。Shopifyペイメントでは1件につき1,300円の手数料も発生します。越境ECや高額商品を扱うストアは、このリスクを見越した決済設計をしておくと安心です。

また、利用できる事業者にも条件があります。日本を含む39の国・地域が対象ですが、Shopifyの利用規約で禁止されている商材（一部のデジタルコンテンツ・規制品等）を扱う場合はアカウント停止になるケースがあります。販売する商品が規約に抵触しないか、開設前に確認しておきましょう。

＊参考　チャージバックと問い合わせ
＊参考　Shopify ペイメントの対応国

入金サイクルと振込スケジュール

日本のShopifyペイメントは、最短5営業日で銀行口座に入金されます。日曜日に締められた売上が翌週金曜日に振り込まれる仕組みで、入金スケジュールは「毎週払い」か「毎月払い」の2択から選べます。

在庫仕入れや広告費の支払いが多いストアは毎週払いにしておくと、資金繰りのサイクルを短く保てます。毎月払いは入金をまとめて管理できるため、経理処理をシンプルにしたいストアに向いています。プランの切り替えはいつでも無料でできるので、事業フェーズに合わせて見直していきましょう。

外部決済サービスでカバーすべき決済方法

Shopifyペイメントが対応していないコンビニ決済・QRコード決済・後払いなどは、外部決済サービスで補完します。代表的なサービスの特徴と手数料を理解しておくことで、自社に必要なものを絞り込めます。

KOMOJU｜コンビニ・スマホ決済の一括導入

KOMOJUはShopifyの日本進出時から連携してきた決済代行サービスで、1契約でさまざまな決済手段をまとめて導入できるのが特徴です。PayPay・メルペイ・au PAY・d払い・楽天ペイ・Paidyなどのスマートフォン決済に加え、コンビニ決済も一括で使えるようになります。AlipayやWeChat Payにも対応しているので、インバウンド需要があるストアにも対応できます。

手数料はクレジットカード3.25%、コンビニ2.75%、銀行振込1.4%で、初期費用・月額費用はかかりません。振込手数料は入金額3万円未満で220円です。QRコード決済をまとめて揃えたい場合、まずKOMOJUを検討するのが現実的です。

＊参考　Shopifyに決済手段を導入する｜決済代行のKOMOJU

SBペイメントサービス｜PayPay連携に強み

SBペイメントサービスは、Visa/Mastercardのクレジットカード手数料が3.10%と業界最安水準の決済代行サービスです。JCB・Amex・Dinersは3.40%、PayPayオンライン決済は3.45%で導入でき、d払い・メルペイ・au PAYなど主要なQRコード決済もまとめて揃えられます。国内7,300万人以上が使うPayPayを取り込める点は、30〜50代の顧客層を持つストアにとって大きなメリットです。

セキュリティ面では、EMV 3Dセキュアがクレジットカード決済に標準対応しており、AI不正検知も無償で利用できます。費用はクレジットカード決済の初期費用3,000円・月額1,000円のみで、追加のセキュリティコストをかけずに運用をスタートできます。

＊参考　「PayPay」の本人確認（eKYC）済みユーザーが4,000万を突破！ | 2026年3月18日のプレスリリース

PayPal｜ワンクリック決済・越境対応

PayPalは世界4億人以上が利用する決済サービスで、越境ECを始めるなら実質的に必須の選択肢です。200以上の国と地域、100通貨以上に対応しており、海外顧客がドルやユーロで購入できる環境をすぐに整えられます。手数料は3.6%+40円〜です。

国内向けストアでの優先度は高くありませんが、海外販売を視野に入れているなら早めに導入しておくのが合理的です。PayPalアカウントを持つユーザーは会員登録なしにワンクリックで購入を完結できるため、新規顧客の登録離脱を防ぐ効果もあります。

＊参考　PayPal（ペイパル）公式サイト｜世界で使えるオンライン決済サービス | PayPal JP

後払い決済（Paidy / NP後払い / atone）

後払い決済は、クレジットカードを持たない若年層の取り込みに直結する決済手段です。代表的なサービスはPaidy・NP後払い・atoneの3つで、それぞれ特徴が異なります。

Paidyはメールアドレスと電話番号だけで使えるシンプルさが特長で、3回・6回の分割払いにも対応しています。初めて訪れるECサイトでもクレジットカード情報を入力せずに購入を完結できるため、新規顧客の離脱防止にも効果があります。

NP後払いは後払い決済の業界シェアNo.1で、与信通過率95%と高く、手数料は2.9〜5.0%の4プラン制から自社の取引規模に合わせて選べます。atoneは手数料2.5%〜と業界最安水準で、200円の利用ごとに1ポイントが還元される仕組みがリピート購入の促進に働きます。

3サービスとも未回収リスクは各サービスが保証する仕組みになっており、ストア側が貸し倒れリスクを直接負う必要はありません。取扱商品の価格帯やターゲット層に合わせてサービスを選ぶと、コストと効果のバランスを取りやすくなります。

＊参考　あと払いペイディ｜法人のお客様｜株式会社Paidy
＊参考　NP後払い
＊参考　atone

キャリア決済｜10〜20代前半層の取り込み

キャリア決済は、NTT docomo・au・SoftBankの携帯料金と一緒に支払える決済手段です。クレジットカードを持っていない10〜20代前半のユーザーにリーチできるのが一番の強みです。

手数料は物販で6.4%と高めですが、デジタルコンテンツになると15%まで跳ね上がります。そのため、音楽・動画・ゲームなどのデジタル商材を扱うストアには向きません。一方、アパレルや雑貨などの物販ストアで若年層をターゲットにしている場合は、手数料分を「新規客層を広げるためのコスト」と割り切って導入を検討する価値があります。

【ターゲット別】最適な決済方法の組み合わせ

事業タイプや顧客層によって、優先すべき決済手段は変わります。下記の組み合わせを参考に、自社ストアに合った決済方法を選んでみてください。

決済方法を選ぶときの3つの判断基準

多くのEC担当者が決済選定で迷う理由は、選択肢が多く「全部入れればよい」と考えてしまいがちな点にあります。コスト・購買体験・カゴ落ち防止の3軸で考えることで、必要な決済を絞り込めます。

① ターゲット顧客の決済習慣に合っているか

決済の選び方の出発点は、自社のターゲット顧客がどんな決済習慣を持っているかです。年齢層・購買シーン・BtoCかBtoBか・越境の有無によって、優先すべき決済は変わります。

取扱商品の価格帯も重要な要素で、高額商品には後払いや分割払いへの対応が購買の後押しになります。食品・日用品のような生活消費型商材ではコンビニ決済との相性が高く、デジタルコンテンツではクレジットカード中心の設計が基本になります。まず自社のユーザーが何で払いたいかを想像することが、決済設計の起点です。

② 手数料コストと売上のバランス

決済手数料率の差は、売上規模が大きくなるほど金額として顕在化します。年商1,000万円のストアで手数料が0.5%異なると、年間5万円の差になります。数千万円規模では、数十万円単位の差として積み上がります。

Shopifyプランのアップグレードによって外部決済の取引手数料も下げられるため、取引手数料と決済手数料の両面から最適化を考える必要があります。とくにBasicプランのまま外部決済を多数導入しているケースは、プランコストとの比較で見直しの余地があることが多いです。

③ カゴ落ち防止にどれだけ寄与するか

使いたい決済手段がないことは、カゴ落ちの大きな原因のひとつです。

実際、「支払い方法が合わなかった」という理由での離脱は、価格や送料と並んで上位に挙がるデータもあります。だからといって、選択肢を増やしすぎると今度は「どれで払えばいいか」と迷わせてしまい、逆に離脱につながるケースもあります。

決済は3〜5種類に絞るのが現実的です。「全部入れる」ではなく「自社のターゲットが使うものだけ入れる」という考え方で選ぶと、余計なコストをかけずに購買体験も整えられます。導入後は定期的にどの決済が使われているかをデータで確認し、使われていない決済は見直すサイクルを持っておくと、運用の無駄も減らせます。

Shopify決済の導入・設定手順

決済方法が決まったら、次は設定作業です。Shopifyペイメントは管理画面だけで完結しますが、外部決済は各社への申し込みと審査が必要になるため、ストアオープンから逆算して早めに動いておくのが無難です。

Shopifyペイメントの設定ステップ

Shopifyペイメントを有効化するにあたって、まず銀行口座が要件を満たしているか確認します。日本の法人名義または個人事業主名義の普通口座が必要です。

1. 銀行口座の要件を確認する（日本の法人・個人事業主名義の普通口座が必要）
2. ストアの通貨設定を日本円に設定する
3. 管理画面の「設定」→「決済」からShopifyペイメントを有効化する
4. 事業者情報・個人情報を入力する
5. テストモードで実際の購入フローを動作確認する

テストモードは本番運用前に必ず実施してください。実際に購入フローを通過させることで、決済エラーや表示崩れを事前に検出できます。テストモードのままストアを公開すると実際の決済ができないため、公開前に必ずテストモードを解除してください。

また、実際のクレジットカードで少額決済をテストした場合、その後キャンセル・返金処理をしても決済手数料は戻ってきません。テスト購入を行なうときはテストモードになっているか確認しましょう。

外部決済サービスの連携手順

外部決済サービスの導入は、まず各サービスの公式サイトから申込を行ないます。審査期間は通常3営業日〜1週間程度かかるため、ストアオープンのスケジュールを確認し、早めに申し込んでおくことがおすすめです。

審査通過後、APIキーやマーチャントIDなどの認証情報を取得します。Shopify管理画面の「設定」→「決済」→「サードパーティの決済サービス」から対象サービスを選択し、取得した認証情報を入力して「有効化」を押すと設定が完了します。設定後はShopifyペイメントと同様にテストモードで動作を確認し、実際の決済が通るかを確かめてから本番運用に切り替えます。

決済まわりの最適化はShopify構築のプロに相談を

決済設計は商品ページやデザインと比べると地味に見えますが、売上転換率に直結する要素です。一定の複雑さが伴うケースでは、専門家への相談が結果的にコストと時間を節約することになります。

自力で選定が難しいケースとは

越境ECを視野に入れた多通貨・多決済の設計は、対応通貨・入金サイクル・為替リスクの考慮が必要になるため、自力での設計が難しいケースがあります。高額商品での分割払い対応、定期購入でのサブスクリプション決済なども、適切な選定には実務経験に基づいた判断が求められます。

BtoBとBtoCを同一ストアで両立する複合サイト設計や、決済選定にとどまらずカゴ落ち分析まで一貫して改善したい場合も、プロに相談するのがおすすめです。

asnaro（アスナロ）がサポートできること（Shopify Experts）

asnaro（アスナロ）はShopify Experts認定を受けたEC構築会社です。決済設計にとどまらず、サイト制作・運営・物流まで一貫してサポートできる体制を整えています。アパレル・コスメ・食品・雑貨など業種ごとの知見をもとに、自社に合った決済の組み合わせを一緒に考えます。

越境EC・BtoB・D2Cなど、事業形態を問わず対応実績があります。「どの決済を選べばいいかわからない」という段階からでも気軽にご相談ください。

まとめ

Shopifyペイメントを主軸に、ターゲットに必要な決済だけを外部サービスで補完するのが基本の考え方です。決済は3〜5種類に絞り、手数料コストとカゴ落ち防止のバランスを見ながら設定することがおすすめです。売上が伸びてきたタイミングでは、プランアップグレードによる手数料最適化も合わせて検討しましょう。

越境対応や複数決済の設計が複雑になってきた場合は、Shopify Expertsへの相談も視野に入れておくと、余計なコストと時間を節約できます。